1995年，康乃爾大學的Su Guo博士在試圖阻斷秀麗新小桿線蟲（C. elegans）中的par-1基因時，發(fā)現(xiàn)了一個意想不到的現(xiàn)象。她們本是利用反義RNA技術(shù)特異性地阻斷上述基因的表達，而同時在對照實驗中給線蟲注射正義RNA（sense RNA）以期觀察到基因表達的增強。但得到的結(jié)果是二者都同樣地切斷了par-1基因的表達途徑。這是與傳統(tǒng)上對反義RNA技術(shù)的解釋正好相反的。該研究小組一直沒能給這個意外以合理解釋。
直到1998年2月，華盛頓卡耐基研究院的Andrew Fire和馬薩諸塞大學醫(yī)學院的Craig Mello才揭開這個懸疑之謎。通過 大量艱苦的工作，他們證實，Su Guo博士遇到的正義RNA抑制基因表達的現(xiàn)象，以及過去的反義RNA技術(shù)對基因表達的阻斷，都是由于體外轉(zhuǎn)錄所得RNA中污染了微量雙鏈RNA而引起。當他們將體外轉(zhuǎn)錄得到的單鏈RNA純化后注射線蟲時發(fā)現(xiàn)，基因抑制效應(yīng)變得十分微弱，而經(jīng)過純化的雙鏈RNA卻正好相反，能夠特異性阻斷相應(yīng)基因的表達。該小組將這一現(xiàn)象稱為RNA干擾（RNA interference ,簡稱RNAi）。

在隨后的短短一年中，RNAi現(xiàn)象被廣泛地發(fā)現(xiàn)于真菌、擬南芥、水螅、渦蟲、錐蟲、斑馬魚等大多數(shù)真核生物中。這種存在揭示了RNAi很可能是出現(xiàn)于生命進化的早期階段。隨著研究的不斷深入，RNAi的機制正在被逐步闡明，而同時作為功能基因組研究領(lǐng)域中的有力工具，RNAi也越來越為人們所重視。

RNA干擾技術(shù)[RNA interference，RNAi]
RNAi的作用機制RNAi作用機制圖解（以線蟲中的三種不同形式為例）

體外實驗表明：RNAi反應(yīng)中，加入的dsRNA被切割為21-23核苷酸長的RNA片段，后者會使目的mRNA被切割為21-23核苷酸長的片段。從已經(jīng)發(fā)生RNAi的果蠅S2細胞中，Hammond等人部分純化了一種核酸酶，該核酸酶具有序列特異性，它僅降解與引起RNAi的dsRNA具有同源序列的mRNA。那么這種核酸酶是如何確定哪些mRNA該降解而哪些不該呢？由于在純化該核酸酶時，可以共分離出21-23核苷酸長的 dsRNA 片段，這暗示該核酸酶對mRNA的切割有可能是以這些片段作模板指導進行的。根據(jù)以上的實驗結(jié)果，人們提出一種RNAi作用的簡單模型。當dsRNA導入細胞后，被一種dsRNA特異的核酸內(nèi)切酶識別，切割成21-23核苷酸長的小片段，這些片段可與該核酸酶的dsRNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域結(jié)合，并且作為模板識別目的mRNA；識別之后，mRNA與dsRNA的有義鏈發(fā)生鏈互換，原先dsRNA中的有義鏈被mRNA代替，從酶-dsRNA復合物中釋放出來，而mRNA則處于原先的有義鏈的位置。核酸酶在同樣位置對mRNA進行切割，這樣又產(chǎn)生了21-23核苷酸長的dsRNA小片段，與核酸酶形成復合物，繼續(xù)對目的mRNA進行切割，從而使目的基因沉默，產(chǎn)生RNAi現(xiàn)象。通過遺傳分析的方法，目前已從線蟲中已分離到RDE-2,RDE-3和Mut-7等RNAi相關(guān)的基因。